pondělí 11. ledna 2021

Covid-19 - kde najít informace



 
Stav epidemie k 10. lednu 2021

Úvod 

Už dlouho jsem nic nenapsal, ale tenhle blog mám v hlavě už nějaký čas a čím déle to trvá, tím absurdnější pocit z chování lidí, obzvlášť vlády a ÚZIS mám. K tomu se připojují různí blázni, psychopati, hlupáci a samozřejmě "zákeřňáci".

No nic, konec stěžování si, tak svět dnes funguje, jdeme k věci - smyslem není postěžovat si ani šířit paniku, ale najít důležité informace, které naopak jakékoliv panice a informačnímu chaosu zabrání a povedou k tomu, že porazíme epidemii a s tímto virem si dále budeme už vědět rady. Na tom pracuje spousta odborníků na celém světě.

Google Translator

V textu je spousta anglických odkazů, někdy i v jiných jazycích. Google Translator dělá ohromné pokroky, čili pokud chcete překlad, můžete zkusit jeden z postupů:

Chromium/Chrome

Nainstalujte si Google Translate Extension - pak stačí kliknout přes kontextové menu na překlad a dodatečně nastavit cílový jazyk.

Firefox

Ve Firefoxu je to složitější, protože třeba The Lancet vás nepustí k textu bez souhlasu s cookies, čili nepustí k němu překladač. Takže buď budete kopírovat text ... nebo najdete jinou extension než já (ta moje otevírá odkaz prakticky stejným postupem níže):

  1. Klikněte na odkaz
  2. Zkopírujte ho (označit, CTRL+C nebo Kopírovat přes pravé tlačítko myši) 
  3. Otevřete si Google Translator
  4. Vložte odkaz do levého okénka (klikněte do něj a stiskněte CTRL+V nebo Vložit přes pravé tlačítko myši)
  5. Klikněte na odkaz v pravém okně

Spolupráce

Urážka na úvod? Ale no tak ...

Mezi absolventy matematických oborů se tradují historky o tom, jak obzvlášť ekonomové a lékaři neumí počítat, ač bychom očekávali, že to bude mnohem lepší. Bohužel na situaci kolem epidemií je to dokonale vidět.

Tak, a teď jste se, lékaři a ekonomové, urazili. Ne, nemáte nárok a měli byste to uznat - není to důvod k urážení se, já si taky nebudu určovat dávkování a kombinace léků, nepoznám anginu od chřipky, nedokážu si ošetřit zlomeninu tak, aby z toho nebyl ještě větší problém, nedokážu odhadnout kurzy měn a vývoj akciového trhu, mám problém i s triviálním účetnictvím. A vy neumíte počítat a riziko řešíte intuicí na základě zlomku z toho obrovského množství informací, které jste se museli naučit ve škole a kvůli atestacím, který jste udrželi v hlavě. Potřebujeme se vzájemně, protože tyhle informace máte pořád "propojené" mnohem lépe, než kdy já budu schopen vyčíst.

A ještě si odběhnu k mé profesi - ne, absolvent FAV není člověk, který vám spustí eshop nebo nastaví češtinu ve Windows. Absolvent FAV sice umí programovat, ale jednak to dnes umí i středoškoláci, jednak se na vysoké škole učil spoustu dalších věcí, které nesmí úplně zapomenout, pokud nechce zakrnět s průměrnou mzdou. Převážná část jeho studia se točila kolem vědy, matematiky, informatiky, spolehlivosti systémů, detekce chyb, pravděpodobnostních modelů, architektur (ne)efektivních systémů, plánování a "vývoje čehokoliv". 

Část absolventů opravdu zakrní jako programátoři - je to snadné, protože je po nich poptávka a hned v začátku je jim často podsouváno, že "jsou jen dělníky, pracujícími hlavou". Části ale zůstává všechna ta věda přinejmenším "pod kůží", takže nejen že je schopna rozumět vlastnímu oboru, ale částečně například studiím z oborů jiných. 

Má to háček - viz studie níže - přečtu si studii, rozumím statistice, rozumím souvislostem, ale na to, abych vyhodnotil další kroky, potřebuji experta právě v onom oboru - virologa, lékaře, epidemiologa, ekonoma, ti mě patrně odkážou ještě na další specialisty. Na složitější výpočty bych si asi už dnes ale taky sehnal někoho z KMA, protože co naplat, z integrování a všech těch numerických metod, jsem už postupem času trochu vyšel.

V ČR se ale mezioborová spolupráce moc nenosí - a je velmi žádoucí to změnit.

Vědci

"Vědci odhalili kouzlo nesmrtelnosti!" - ne, tak takhle to vážně nefunguje. Vědci jsou vesměs normální lidi, jen trošku vzdělanější než většina populace, resp. trošku víc, protože jsou zkrátka přirozeně zvídaví a zvládli projít vzdělávacím systémem - někteří snadno, jiní s obtížemi, a svého vzdělání dále využívají ke zkoumání a vynalézání a dále ho rozšiřují.

Někteří vědci nosí oblek, jiní sepraná trička, někteří mluví spisovně a jiní vulgárně, někteří mají všeobecný přehled, jiní jsou "fachidioti", soustředění jen na svůj obor. Veřejnost nemá snadné přijít na to, komu lze důvěřovat, kdo se orientuje jen ve svém oboru (a co to vlastně je), a kdo je dokonce lhář a podvodník. 

Přesto se to poznat dá - s kvalitním vědcem se jiní vědci rádi pouští do diskuzí, vzájemně si vyměňují poznatky a společně rozšiřují vědomosti své i svého okolí. 

Předem varuji před videi, kde jakýsi lékař/vědec/člobrda, kterého vůbec neznáte, sám jediný cosi vykládá o čemkoliv. Často jsou to blbosti.

Lháři

No, přitvrdíme zmíněním dalšího problému dneška. Řekněme, že jsou tu lidé, kteří lžou naprosto drze a přestože byli ze lhaní usvědčeni často i opakovaně, stále mají drzost v tom pokračovat. Kupodivu média jim v tom stále dopřávají prostor bez velké snahy je konfrontovat s oponenty nebo daty, a celé se to opakuje pořád dokola.

V tomto případě nejde o omyly, protože buď jde opravdu o odborníky, příp. o lidi, kteří jako odborníci vystupují, nebo o neodborníky, kteří se za ně vydávají. V obou případech je těžké uvěřit, že by takové výroky vynášeli čestně a s dobrým úmyslem, nebo omylem či z hlouposti.

Dělat lhářům a podvodníkům reklamu tu nebudu, myslím, že pokud si pročtete některé z odkazů níže, snadno pochopíte, o koho jde. Smyslem tohoto textu také není "bojovat s blbci", nýbrž "bojovat s hloupostí" - je v tom poměrně zásadní rozdíl.

Komu důvěřovat

Varování předem - nejde o bohy všemocné, ale o lidi. Lidé se mohou mýlit - pokud jim jejich omyl dokážete a jsou poctiví, uznají ho a dokonce je to potěší. Zároveň to neznamená, že přesvědčit je bude snadné. Někdy také chvíli trvá, než člověku dojde, co se mu ten druhý snaží sdělit.

Též bych varoval před titulky v médiích - obvykle slouží k přitažení pozornosti čtenářovy, nikoliv jako náznak toho, co v textu je. Často je to i pravý opak toho.

Videa

Taky vám přijde, že ta videa mají něco společného?

Statistiky

Monitoring

Jinak řečeno - grafíky, tabulky, data, něco, podle čeho se dá rychle zorientovat.

ČR

Zahraničí

  • Our World In Data -  přehršle korelačních grafů
  • John Hopkins University - ArcGIS už od prvních měsíců epidemie sleduje aktuální stav v různých částech světa.
  • Worldometers - další zobrazení statistik zemí
  • InformationIsBeautiful.org -  velmi užitečná sada grafik
  • HealthData.org - prognózy této aplikace skoro nikdy nevycházejí, přesto se na ní občas podívám, abych se na chvíli vyděsil nějakou extrémní variantou budoucnosti. Ty optimistické jsou na tom podobně.
  • Find.DX Test Tracker - srovnání světových statistik, testy, smrtnost, atd.
  • Financial Times -   globální statistiky přehledně na jedné stránce
  • EpidemicForecasting.org
  • EuroMoMo - evropský monitoring mortality obyvatelstva
  • EuroStat - statistiky EU, viz odkazy na stránce

Smrtnost

Smrtnost zajímá všechny, zpravidla se ale směšují dvě interpretace plus naivní představa, že je to snad nějaká vlastnost viru nebo nemoci. Není - jde o statistický pojem, vypovídající o poměru mrtvých z počtu nakažených nebo nemocných, příp. jiného jevu. 

Hodnota smrtnosti v případě nemocí závisí na stavu zdravotní péče, věku, zdravotním stavu (komorbiditách, tj. dalších nemocech), u některých nemocí i na pohlaví atd.

K čemu to pak je, ptáte se? Pro hrubou orientaci, která je nutná k vyhodnocení závažnosti situace. A také ke sledování pokroku, např. díky novým očkovacím látkám nebo lékům.

V zahraničních zdrojích se obvykle rozlišují CFR (Case Fatality Rate = podíl mrtvých z počtu diagnostikovaných případů) a IFR (Infected Fatality Rate = podíl mrtvých z počtu nakažených); druhé číslo je obvykle o hodně menší než první a je často založené spíš na odhadu, protože velká část nakažených není nikdy detekovaná.

Dá se očekávat, že do budoucna bude smrtnost u COVID-19 výrazně klesat, tj. díky očkování, imunitě po prodělání nemoci, nalezení vhodných léčebních postupů. Nyní je ale vysoká a v kombinaci s extrémní infekčností viru znamená extrémní riziko - a právě proto to všechno.

Nadúmrtí

Ani zde není nejmenších pochyb, že rok 2020 byl s přehledem nejhorší za posledních deset let. Jsou tu různé pokusy buď nadúmrtí přímo popřít, nebo je aspoň svést na něco jiného. Takže v rychlosti:

  • oficiální statistika mortality obyvatel ČR je zde. Je založená na vystavených úmrtních listech, kdo jste vyřizoval pozůstalost, tušíte, že to bude i důvodem menšího zpoždění.
  • ne, nemůžou za to dopravní nehody, těch bylo naopak méně.
  • ne, nemůže za to ani "odložená péče" - ne že by ta nebyla problém, ale nezpůsobila by okamžitou vlnu, zpožděnou za detekovanou vlnou nákazy o 2-3 týdny, přesně tak, jak experti předpověděli. Co experti nevěděli, byla velikost vlny, protože jak jsme si už řekli, smrtnost závisí na spoustě věcí.
  • srovnání s jinými zeměmi viz Our World in Data.

Číslo R

Viz web Matfyzu, jsou tam i další zajímavé články.

Genetika a mutace 

Předně šokujicí odhalení, aneb víte, co se stane, když experti různých oborů začnou spolupracovat? Když se to povede, může vzniknout něco takového: NextStrain. Více o projektu zde, stručně řečeno jde o sledování mutací virů napříč celým světem. Na tom se dá dále stavět - sledovat, které části genetické informace viru se mění často a jak, jaké podmínky k tomu pravděpodobně vedly, možná i do budoucna odhadnout, co se bude dít dál a být aspoň o krok napřed.

Problém je, že tento nástroj je třeba "krmit daty" z laboratoří, které na to musí být jednak vybavené, jednak na to musí mít rozpočet, resp. někdo to všechno musí zaplatit. O čem to mluvím? O tom, co dělá tým SVÚ a podobné týmy ve vyspělých zemích světa.

Výpočty a modely

Na rozdíl od názorů některých "mediálních hvězd české medicíny" (většinou nepočítají, ale věští, hádají!!!), jiní lékaři spolupracovali s matematiky ve snaze vytvořit nástroje, které budou schopné pomoci spolehlivě nastavit opatření v boji s šířící se nákazou. Některé modely jsou známé už sto let, od té doby ovšem proběhl i na tomto poli velký vývoj. Pravda, asi ne tak velký, jak bych si třeba já představoval.

Takže pro začátek tento a tento odkaz. Ne, nečetl jsem všechny odkazy odsud vedoucí  ... ještě ne.

  • SEIR: Gabriel Goh (GitHub)
    • můžete si zkusit změnit parametry a odhadnout další vývoj epidemie 
    • přinejmenším zjistíte, že s exponenciálou není až taková sranda a že to testování a statistiky vážně nutně potřebujete, protože jinak vůbec nevíte, na čem jste - máte dělat lockdown? Je už po všem?
    • statistikové i nepřesných dat dovedou vydolovat úžasně spolehlivé informace a dokonce vypočítat, jak moc spolehlivé jsou. Musí jich být ale dost a musí být co nejpodrobnější a nejpůvodnější (tj. již nepřepočítaná).
    • můžete zkusit dosadit i hodnoty z odkazů

Testování 

Prevence a léčba

Předně je dobré si uvědomit, že to, že máme léky, které pomáhají, neznamená, že je problém vyřešen. Všechny dosud používané léky pomáhají jen částečně a za nějakých podmínek.

Očkování 

Očkování funguje. To, co se bude ještě zkoumat, je jak dlouho vlastně očkovaného ochrání, a jestli se to bude měnit mezi budoucími mutacemi viru nebo virů.

Studie

Většinou se vyhnu delším výpiskům ze studií, omezím se na pár bodů.  

Vyhledávání

Moje záložky

Česká studie zaměřená na dobu trvání imunity 

Porovnání průběhu nemocí ptačí chřipka vs. covid-19 

Účinnost léčby remdesivirem

Efekt roušek, ochrany očí a fyzických vzdáleností

  • https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(20)31142-9/fulltext 
  • účinek je zjevný i statisticky
  • pokud je někomu -20-30% rizika málo, podotýkám, že je řeč o geometrických řadách, čili účinky se opakují s každým kontaktem, což vede na exponenciální závislost. V důsledku po sto kontaktech můžete být úplně jinde.
  • bylo-li libo příklad?
    • 1.1 na padesátou je 117
    • 1.3 na padesátou je 497929

Přehlédnuté riziko nákazy ve školách

Redetekovatelná pozitivita u vyléčených dětí 

Multisystémový zánětlivý syndrom u dětí

Opakovaná nákaza a závažnost průběhu

Smrtnost ptačí chřipky H1N1pdm09 (CFR)  

Zahraničí 

EU

  • ECDC -  European Centre for Disease Prevention and Control

Německo

Rakousko

Slovensko

  • Oficiální web
  • Dáta bez pátosu - i na Slovensku se už matematikové rozčílili a pustili se do trpělivého, byť lehce podrážděného, vysvětlování. A dělají to moc dobře.
  • SME - aktuální informace; nemůžu si pomoct, ale přijde mi, že Slovákům se daří weby strukturovat mnohem lépe než v ČR.

Švédsko

USA

Další užitečné a zajímavé odkazy


Vystavil v
Štítky: , , ,

Žádné komentáře:

Okomentovat

Přihlásit se k odběru: Komentáře k příspěvku (Atom)