pondělí 11. ledna 2021

Covid-19 - kde najít informace



 
Stav epidemie k 10. lednu 2021

Úvod 

Už dlouho jsem nic nenapsal, ale tenhle blog mám v hlavě už nějaký čas a čím déle to trvá, tím absurdnější pocit z chování lidí, obzvlášť vlády a ÚZIS mám. K tomu se připojují různí blázni, psychopati, hlupáci a samozřejmě "zákeřňáci".

No nic, konec stěžování si, tak svět dnes funguje, jdeme k věci - smyslem není postěžovat si ani šířit paniku, ale najít důležité informace, které naopak jakékoliv panice a informačnímu chaosu zabrání a povedou k tomu, že porazíme epidemii a s tímto virem si dále budeme už vědět rady. Na tom pracuje spousta odborníků na celém světě.

Google Translator

V textu je spousta anglických odkazů, někdy i v jiných jazycích. Google Translator dělá ohromné pokroky, čili pokud chcete překlad, můžete zkusit jeden z postupů:

Chromium/Chrome

Nainstalujte si Google Translate Extension - pak stačí kliknout přes kontextové menu na překlad a dodatečně nastavit cílový jazyk.

Firefox

Ve Firefoxu je to složitější, protože třeba The Lancet vás nepustí k textu bez souhlasu s cookies, čili nepustí k němu překladač. Takže buď budete kopírovat text ... nebo najdete jinou extension než já (ta moje otevírá odkaz prakticky stejným postupem níže):

  1. Klikněte na odkaz
  2. Zkopírujte ho (označit, CTRL+C nebo Kopírovat přes pravé tlačítko myši) 
  3. Otevřete si Google Translator
  4. Vložte odkaz do levého okénka (klikněte do něj a stiskněte CTRL+V nebo Vložit přes pravé tlačítko myši)
  5. Klikněte na odkaz v pravém okně

Spolupráce

Urážka na úvod? Ale no tak ...

Mezi absolventy matematických oborů se tradují historky o tom, jak obzvlášť ekonomové a lékaři neumí počítat, ač bychom očekávali, že to bude mnohem lepší. Bohužel na situaci kolem epidemií je to dokonale vidět.

Tak, a teď jste se, lékaři a ekonomové, urazili. Ne, nemáte nárok a měli byste to uznat - není to důvod k urážení se, já si taky nebudu určovat dávkování a kombinace léků, nepoznám anginu od chřipky, nedokážu si ošetřit zlomeninu tak, aby z toho nebyl ještě větší problém, nedokážu odhadnout kurzy měn a vývoj akciového trhu, mám problém i s triviálním účetnictvím. A vy neumíte počítat a riziko řešíte intuicí na základě zlomku z toho obrovského množství informací, které jste se museli naučit ve škole a kvůli atestacím, který jste udrželi v hlavě. Potřebujeme se vzájemně, protože tyhle informace máte pořád "propojené" mnohem lépe, než kdy já budu schopen vyčíst.

A ještě si odběhnu k mé profesi - ne, absolvent FAV není člověk, který vám spustí eshop nebo nastaví češtinu ve Windows. Absolvent FAV sice umí programovat, ale jednak to dnes umí i středoškoláci, jednak se na vysoké škole učil spoustu dalších věcí, které nesmí úplně zapomenout, pokud nechce zakrnět s průměrnou mzdou. Převážná část jeho studia se točila kolem vědy, matematiky, informatiky, spolehlivosti systémů, detekce chyb, pravděpodobnostních modelů, architektur (ne)efektivních systémů, plánování a "vývoje čehokoliv". 

Část absolventů opravdu zakrní jako programátoři - je to snadné, protože je po nich poptávka a hned v začátku je jim často podsouváno, že "jsou jen dělníky, pracujícími hlavou". Části ale zůstává všechna ta věda přinejmenším "pod kůží", takže nejen že je schopna rozumět vlastnímu oboru, ale částečně například studiím z oborů jiných. 

Má to háček - viz studie níže - přečtu si studii, rozumím statistice, rozumím souvislostem, ale na to, abych vyhodnotil další kroky, potřebuji experta právě v onom oboru - virologa, lékaře, epidemiologa, ekonoma, ti mě patrně odkážou ještě na další specialisty. Na složitější výpočty bych si asi už dnes ale taky sehnal někoho z KMA, protože co naplat, z integrování a všech těch numerických metod, jsem už postupem času trochu vyšel.

V ČR se ale mezioborová spolupráce moc nenosí - a je velmi žádoucí to změnit.

Vědci

"Vědci odhalili kouzlo nesmrtelnosti!" - ne, tak takhle to vážně nefunguje. Vědci jsou vesměs normální lidi, jen trošku vzdělanější než většina populace, resp. trošku víc, protože jsou zkrátka přirozeně zvídaví a zvládli projít vzdělávacím systémem - někteří snadno, jiní s obtížemi, a svého vzdělání dále využívají ke zkoumání a vynalézání a dále ho rozšiřují.

Někteří vědci nosí oblek, jiní sepraná trička, někteří mluví spisovně a jiní vulgárně, někteří mají všeobecný přehled, jiní jsou "fachidioti", soustředění jen na svůj obor. Veřejnost nemá snadné přijít na to, komu lze důvěřovat, kdo se orientuje jen ve svém oboru (a co to vlastně je), a kdo je dokonce lhář a podvodník. 

Přesto se to poznat dá - s kvalitním vědcem se jiní vědci rádi pouští do diskuzí, vzájemně si vyměňují poznatky a společně rozšiřují vědomosti své i svého okolí. 

Předem varuji před videi, kde jakýsi lékař/vědec/člobrda, kterého vůbec neznáte, sám jediný cosi vykládá o čemkoliv. Často jsou to blbosti.

Lháři

No, přitvrdíme zmíněním dalšího problému dneška. Řekněme, že jsou tu lidé, kteří lžou naprosto drze a přestože byli ze lhaní usvědčeni často i opakovaně, stále mají drzost v tom pokračovat. Kupodivu média jim v tom stále dopřávají prostor bez velké snahy je konfrontovat s oponenty nebo daty, a celé se to opakuje pořád dokola.

V tomto případě nejde o omyly, protože buď jde opravdu o odborníky, příp. o lidi, kteří jako odborníci vystupují, nebo o neodborníky, kteří se za ně vydávají. V obou případech je těžké uvěřit, že by takové výroky vynášeli čestně a s dobrým úmyslem, nebo omylem či z hlouposti.

Dělat lhářům a podvodníkům reklamu tu nebudu, myslím, že pokud si pročtete některé z odkazů níže, snadno pochopíte, o koho jde. Smyslem tohoto textu také není "bojovat s blbci", nýbrž "bojovat s hloupostí" - je v tom poměrně zásadní rozdíl.

Komu důvěřovat

Varování předem - nejde o bohy všemocné, ale o lidi. Lidé se mohou mýlit - pokud jim jejich omyl dokážete a jsou poctiví, uznají ho a dokonce je to potěší. Zároveň to neznamená, že přesvědčit je bude snadné. Někdy také chvíli trvá, než člověku dojde, co se mu ten druhý snaží sdělit.

Též bych varoval před titulky v médiích - obvykle slouží k přitažení pozornosti čtenářovy, nikoliv jako náznak toho, co v textu je. Často je to i pravý opak toho.

Videa

Taky vám přijde, že ta videa mají něco společného?

Statistiky

Monitoring

Jinak řečeno - grafíky, tabulky, data, něco, podle čeho se dá rychle zorientovat.

ČR

Zahraničí

  • Our World In Data -  přehršle korelačních grafů
  • John Hopkins University - ArcGIS už od prvních měsíců epidemie sleduje aktuální stav v různých částech světa.
  • Worldometers - další zobrazení statistik zemí
  • InformationIsBeautiful.org -  velmi užitečná sada grafik
  • HealthData.org - prognózy této aplikace skoro nikdy nevycházejí, přesto se na ní občas podívám, abych se na chvíli vyděsil nějakou extrémní variantou budoucnosti. Ty optimistické jsou na tom podobně.
  • Find.DX Test Tracker - srovnání světových statistik, testy, smrtnost, atd.
  • Financial Times -   globální statistiky přehledně na jedné stránce
  • EpidemicForecasting.org
  • EuroMoMo - evropský monitoring mortality obyvatelstva
  • EuroStat - statistiky EU, viz odkazy na stránce

Smrtnost

Smrtnost zajímá všechny, zpravidla se ale směšují dvě interpretace plus naivní představa, že je to snad nějaká vlastnost viru nebo nemoci. Není - jde o statistický pojem, vypovídající o poměru mrtvých z počtu nakažených nebo nemocných, příp. jiného jevu. 

Hodnota smrtnosti v případě nemocí závisí na stavu zdravotní péče, věku, zdravotním stavu (komorbiditách, tj. dalších nemocech), u některých nemocí i na pohlaví atd.

K čemu to pak je, ptáte se? Pro hrubou orientaci, která je nutná k vyhodnocení závažnosti situace. A také ke sledování pokroku, např. díky novým očkovacím látkám nebo lékům.

V zahraničních zdrojích se obvykle rozlišují CFR (Case Fatality Rate = podíl mrtvých z počtu diagnostikovaných případů) a IFR (Infected Fatality Rate = podíl mrtvých z počtu nakažených); druhé číslo je obvykle o hodně menší než první a je často založené spíš na odhadu, protože velká část nakažených není nikdy detekovaná.

Dá se očekávat, že do budoucna bude smrtnost u COVID-19 výrazně klesat, tj. díky očkování, imunitě po prodělání nemoci, nalezení vhodných léčebních postupů. Nyní je ale vysoká a v kombinaci s extrémní infekčností viru znamená extrémní riziko - a právě proto to všechno.

Nadúmrtí

Ani zde není nejmenších pochyb, že rok 2020 byl s přehledem nejhorší za posledních deset let. Jsou tu různé pokusy buď nadúmrtí přímo popřít, nebo je aspoň svést na něco jiného. Takže v rychlosti:

  • oficiální statistika mortality obyvatel ČR je zde. Je založená na vystavených úmrtních listech, kdo jste vyřizoval pozůstalost, tušíte, že to bude i důvodem menšího zpoždění.
  • ne, nemůžou za to dopravní nehody, těch bylo naopak méně.
  • ne, nemůže za to ani "odložená péče" - ne že by ta nebyla problém, ale nezpůsobila by okamžitou vlnu, zpožděnou za detekovanou vlnou nákazy o 2-3 týdny, přesně tak, jak experti předpověděli. Co experti nevěděli, byla velikost vlny, protože jak jsme si už řekli, smrtnost závisí na spoustě věcí.
  • srovnání s jinými zeměmi viz Our World in Data.

Číslo R

Viz web Matfyzu, jsou tam i další zajímavé články.

Genetika a mutace 

Předně šokujicí odhalení, aneb víte, co se stane, když experti různých oborů začnou spolupracovat? Když se to povede, může vzniknout něco takového: NextStrain. Více o projektu zde, stručně řečeno jde o sledování mutací virů napříč celým světem. Na tom se dá dále stavět - sledovat, které části genetické informace viru se mění často a jak, jaké podmínky k tomu pravděpodobně vedly, možná i do budoucna odhadnout, co se bude dít dál a být aspoň o krok napřed.

Problém je, že tento nástroj je třeba "krmit daty" z laboratoří, které na to musí být jednak vybavené, jednak na to musí mít rozpočet, resp. někdo to všechno musí zaplatit. O čem to mluvím? O tom, co dělá tým SVÚ a podobné týmy ve vyspělých zemích světa.

Výpočty a modely

Na rozdíl od názorů některých "mediálních hvězd české medicíny" (většinou nepočítají, ale věští, hádají!!!), jiní lékaři spolupracovali s matematiky ve snaze vytvořit nástroje, které budou schopné pomoci spolehlivě nastavit opatření v boji s šířící se nákazou. Některé modely jsou známé už sto let, od té doby ovšem proběhl i na tomto poli velký vývoj. Pravda, asi ne tak velký, jak bych si třeba já představoval.

Takže pro začátek tento a tento odkaz. Ne, nečetl jsem všechny odkazy odsud vedoucí  ... ještě ne.

  • SEIR: Gabriel Goh (GitHub)
    • můžete si zkusit změnit parametry a odhadnout další vývoj epidemie 
    • přinejmenším zjistíte, že s exponenciálou není až taková sranda a že to testování a statistiky vážně nutně potřebujete, protože jinak vůbec nevíte, na čem jste - máte dělat lockdown? Je už po všem?
    • statistikové i nepřesných dat dovedou vydolovat úžasně spolehlivé informace a dokonce vypočítat, jak moc spolehlivé jsou. Musí jich být ale dost a musí být co nejpodrobnější a nejpůvodnější (tj. již nepřepočítaná).
    • můžete zkusit dosadit i hodnoty z odkazů

Testování 

Prevence a léčba

Předně je dobré si uvědomit, že to, že máme léky, které pomáhají, neznamená, že je problém vyřešen. Všechny dosud používané léky pomáhají jen částečně a za nějakých podmínek.

Očkování 

Očkování funguje. To, co se bude ještě zkoumat, je jak dlouho vlastně očkovaného ochrání, a jestli se to bude měnit mezi budoucími mutacemi viru nebo virů.

Studie

Většinou se vyhnu delším výpiskům ze studií, omezím se na pár bodů.  

Vyhledávání

Moje záložky

Česká studie zaměřená na dobu trvání imunity 

Porovnání průběhu nemocí ptačí chřipka vs. covid-19 

Účinnost léčby remdesivirem

Efekt roušek, ochrany očí a fyzických vzdáleností

  • https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(20)31142-9/fulltext 
  • účinek je zjevný i statisticky
  • pokud je někomu -20-30% rizika málo, podotýkám, že je řeč o geometrických řadách, čili účinky se opakují s každým kontaktem, což vede na exponenciální závislost. V důsledku po sto kontaktech můžete být úplně jinde.
  • bylo-li libo příklad?
    • 1.1 na padesátou je 117
    • 1.3 na padesátou je 497929

Přehlédnuté riziko nákazy ve školách

Redetekovatelná pozitivita u vyléčených dětí 

Multisystémový zánětlivý syndrom u dětí

Opakovaná nákaza a závažnost průběhu

Smrtnost ptačí chřipky H1N1pdm09 (CFR)  

Zahraničí 

EU

  • ECDC -  European Centre for Disease Prevention and Control

Německo

Rakousko

Slovensko

  • Oficiální web
  • Dáta bez pátosu - i na Slovensku se už matematikové rozčílili a pustili se do trpělivého, byť lehce podrážděného, vysvětlování. A dělají to moc dobře.
  • SME - aktuální informace; nemůžu si pomoct, ale přijde mi, že Slovákům se daří weby strukturovat mnohem lépe než v ČR.

Švédsko

USA

Další užitečné a zajímavé odkazy


Vystavil v Žádné komentáře:
Štítky: , , ,

pátek 30. listopadu 2018

Refactoring, část IV: Odstraňování duplicit

Co je špatně?

Duplicitní kód se sice rychle a snadno generuje (podobně jako diplomky politiků), ale později se ve zlém vrátí tím spíš, čím víc "klonů" existuje. Scénář katastrofy je obvykle rutinní:
  1. Uživatel nahlásí chybu nebo je třeba implementovat novou vlastnost
  2. Chyba se opraví - čili klon se liší od svých pravzorů
  3. Jiný uživatel reklamuje chybu v jiném klonu
  4. Chyba se opraví - obvykle jinak než v prvním klonu.
  5. Ostatní klony jsou neopravené. Trpí stejným problémem? Netrpí jím? Jak to, že fungují správně? Je část klonovaného kódu v jejich případě zbytečná? Nebo nefungují správně, jen ještě nikdo v jejich případě chybu nereklamoval?
  6. Rozdíly narůstají, chyby někde mizí, jinde zůstávají nebo se dokonce mění. Technický dluh roste exponenciálně.

Konfigurace CPD, Copy And Paste Detector


CPD je součástí PMD maven pluginu, čili když už, nejspíš budete používat oba. Kontrolám PMD samotného se ale vyhnu, to si najděte jinde ;)
CPD porovnává soubory a hledá v nich opakující se sekvence "tokenů". Algoritmus lze trochu konfigurovat, viz dokumentace pluginu.

                <plugin>
                    <artifactId>maven-pmd-plugin</artifactId>
                    <version>3.11.0</version>
                    <executions>
                        <execution>
                            <id>cpd</id>
                            <goals>
                                <goal>cpd</goal>
                            </goals>
                            <phase>verify</phase>
                            <configuration>
                                <skip>${cpd.skip}</skip>
                                <minimumTokens>100</minimumTokens>
                                <excludes>
                                    <exclude>**/en/**/*</exclude>
                                    <exclude>**/generated/**/*</exclude>
                                </excludes>
                            </configuration>
                        </execution>
                        <execution>
                            <id>cpd-check</id>
                            <goals>
                                <goal>cpd-check</goal>
                            </goals>
                            <phase>verify</phase>
                            <configuration>
                                <skip>${cpd.skip}</skip>
                                <printFailingErrors>true</printFailingErrors>
                                <verbose>true</verbose>
                            </configuration>
                        </execution>
                    </executions>

Pokud plugin najde dvě stejné sekvence delší jak 100 tokenů, shodí build a vypíše nalezené duplicity. Ty pak budete muset řešit.

Řešení

Fuj: Přehodím řádky

Ano, z pohledu CPD jste z toho venku, ale po pravdě ... vážně myslíte, že jste se problému zbavili? Ve skutečnosti jste se zbavili jen jeho hlášení, problém trvá. Navíc jste si ještě zhoršili orientaci ve třídě.

Fuj: Zvýším minimumTokens

... a zbavím se hlášení. Problém trvá, ale co hůř, ono to často ani nezabere, protože těch duplicit je víc, byť i jen na málo řádcích. Pointa je právě v tom, co vlastně je ten "token". Ta stovka je docela rozumná, proto je taky jako default.

Exkluze

Ta funguje stoprocentně. Není ovšem určená k ignorování skutečných problémů, nýbrž k ignorování falešných hlášení problémů. Může být nalezená duplicita, skutečná duplicita, falešným hlášením? Je třeba si uvědomit, že cílem není zbavit se jakýchkoliv duplicit, ale zbavit se hrozících problémů s duplicitami, zlepšit architekturu, uklidit.

Do exkluze tudíž typicky dávám jednak kód generovaný, se kterým nic nenadělám, jednak třeba JPA entity, které mohou mít velmi podobné vlastnosti, přestože vzájemně nijak nesouvisí. To, že se něco stejně jmenuje, nemusí znamenat, že je to duplicitní - a CPD s oblibou hlásí stejné čtyři settery a gettery, jdoucí za sebou.

Problém může být, pokud nemáte žádnou konvenci, jak třeba JPA entity odlišit od jiných tříd. Hodně štěstí ;-)

Vyvedení do samostatné metody ve stejné třídě

Samozřejmost, pokud je duplicitní kód jediné třídy. Nebo ne? Pokud na 10 řádkách máme 8 lokálních proměnných, tohle nebude smysluplná cesta. Můžeme je zkombinovat do jednoho výpočtu, jenže ... to zásadně zhorší čitelnost, takže taky ne. Takže jiná možnost.

Vyvedení do společného rodiče

Je to možnost, ale je třeba zvážit, zda vyváděná funkcionalita do rodiče opravdu patří. Pokud ostatním potomkům rodiče je tato funkcionalita cizí a nemají s ní nic společného, nedělejte to. Jedině že byste stvořili dalšího "mezirodiče", ale pokud mu nedokážete dát smysluplný název, budu se opakovat - nedělejte to; příliš vysoká hierarchie rodičů a potomků je další problém, čili je tu riziko, že odstraněním jednoho problému vytvoříte jiný.

Vyvedení do "utility" nebo "cizí" třídy

Utilitky, helpery, atp., jsou víceméně neobjektová věc, na druhou stranu netrpí problémy s dědičností, dobře se na ně píšou testy, takže tuhle možnost vůbec nezatracujte.
Podobně je možné, že víte o třídě, kam tento kód vlastně i logicky patří a lze ho odsud sdílet na potřebná místa. Předpokladem je, že vyvedenému kódu dokážete vytvořit nějaké pěkné smysluplné API. Ale to se vlastně týká každého "vyvádění".

Vyvedení do default metody interface

Óóó, jak snadné a efektivní!
Jenže to má háček - nese to riziko. Implementace z abstraktního rodiče, implementující stejnou metodu, má vyšší prioritu než jakýkoliv interface!!!
Vážně si rozmyslete, jestli vyváděný kód může opravdu sloužit jen jako pouhý "default". V případě kolizí pak musíte metodu stejně přetížit a z těla volat Iface.super.metoda(), jinak řečeno musíte říct, kterou z dostupných implementací chcete používat.
Pokud máte ale v rodiči metodu implementovanou, complier vám nic neřekne a neporadí, předpokládá, že to vážně chcete.

Silver bullet: přečtěte si to

Překvápko: někdy není třeba duplicitní blok "vyvádět", stačí oba duplicitní bloky naprosto stejně zjednodušit. Třeba odstranit 10 opakovaných přetypování. Nebo jen něco, co se na obou místech otravně opakuje, vyvést ven a sdílet. Výsledek? Ubyde tokenů, jak prosté, už to nevypadá jako hloupý copy and paste, jen něco, co dělá stejnou věc, a to už není známka copy and paste.

Svět je zase v pořádku :-)
Vystavil v Žádné komentáře:
Štítky: , , , , , ,

pátek 27. července 2018

Paralýza bez analýzy


Kašleme na ně, radši vyhyneme!

Je známým faktem, že tzv. „antipatterny“ si lidé pamatují snáze než „patterny“, čili vzory. Týká se to i pojmu „Analysis-Paralysis“ (analýza-paralýza), nebo naopak „Extinct by Instinct“ (vyhynutí instinktem). Přitom spousta vývojářů už někdy slyšela o dokumentech, kterým se říká „detailní návrh systému“, „specifikace požadavků“, UML diagramy, „use case“, „popisu chování“, … atd.

Typický vývojář se hrozně těší, až si do svého výtvoru prvně klikne myší, pošle mu zprávu a v ideálním případě dokonce dostane odpověď, až to zkrátka konečně začne něco dělat. A tak se vykašle na analýzy a dokumentaci, a začne bastlit, během čehož si teprve začne uvědomovat, co všechno ještě bude muset přidat, předělat, průběžně upravit svoje původní nápady, ale zároveň nerad maže to, co už udělal.
A když už to má všechno za sebou, nenávidí opravování chyb, a za nic na světě nezačne psát automatické testy – čím jsou náročnější, tím větší je odpor. A náročnější jsou tím víc, čím složitější je implementace i rozhraní, i čím složitější je popis chování aplikace.

No počkat, „popis chování aplikace“? Ten ale neexistuje, jeho jediná instance je ve vývojářově hlavě, a permanentně se mění, nakonec dojde ke vzpouře mysli, která ve výsledku začne prosazovat chyby jako chtěné vlastnosti. Vývojář se hrubou silou pokusí protlačit svůj mizerný geniální výtvor přes jakákoliv akceptační pravidla týmu, šéfů, zákazníka, kohokoliv, jen aby to měl za sebou.

Kolikrát se tohle zopakuje, než vývojář „vyhoří“?
Kolikrát se tohle zopakuje, než s ním tým ztratí trpělivost?
Kolikrát se tohle zopakuje, v kolika týmech, u kolika zaměstnavatelů, u kolika zákazníků?

Mockrát.
Zákazník si zvykne a bojí se, že po utracených milionech to jinde bude zase stejné.
Zaměstnavatel má problém sehnat jakéhokoliv vývojáře, snaží se udržet si i ty špatné.
Nejmocnější je podle mého soudu tým samotný, dobrý tým se musí nutně zbavovat členů, kteří mu kazí pověst i dílo, bez ohledu na to, že takovými změnami přidělává práci personalistům firmy i svým šéfům. Samozřejmě to je až krajní stav, kdy dotyčného nelze proškolit, kdy se nedokáže sžít s fungováním kvalitního týmu. Naopak pokud není kvalitní tým jako celek a nelze z něj přiměřeným úsilím kvalitní tým učinit, není důvod v něm setrvávat.

Žádné násilí ale není nutné.

Někteří vývojáři dokonce tvrdí, že je vysoká škola nic nenaučila. Zapomínají, co všechno se jim dostalo do podvědomí, přestože si nepamatují podrobnosti. Přehlížejí, že je škola naučila se nejen učit, ale i zapomínat nepotřebné detaily, vybírat jen to podstatné a detaily vyhledávat a chápat. Schválně, víte nebo aspoň tušíte, o čem je řeč? Jak často si na to vzpomenete při vývoji?

  • O(n)
  • B-tree
  • SHL, SHR
  • BCNF
  • Transformační matice
  • Konečný automat
  • Spolehlivost systému
  • Korelace jevů
  • Riemannův integrál
  • Svobodovy mapy
  • Násobení matic
  • Rekurze
  • Podmínka nutná, nikoliv postačující.
  • …
Vývojáři rádi vyvíjejí, vynalézají, ale často neradi zapisují myšlenky a ověřují je, hledají souvislosti. K tomu musí časem dospět, obvykle s trochou donucení kvalitním týmem. Ano, kvalitní tým píše dokumentaci a píše analýzy – ne však protože je někdo vyžaduje, ale protože jsou užitečné!

Jak překonat odpor


Jak? Sněním. Už máte něco za sebou, tak si vzpomeňte, jak jste se v tom programování ztráceli minule. A co všechno jste už mohli vědět předem, kdybyste si dali tu práci. Ne, nepotřebujete začínat UML diagramy a těmi obrázky, které vám vnutili ve škole. Začněte smluvním popisem, který proberete se zadavatelem – nemusíte hned psát knihu, stačí sepsat si na papír co víte, a co byste chtěli vědět:
  • co aplikace má dělat
  • co aplikace nemá dělat (hodí se vytyčit „hranice“, odkázat se na související funkcionality)
  • jakým způsobem bude interagovat s klientem (browser, ws, db, ...)
  • kdo je klientem (server, člověk, jiná aplikace, …)
  • kolik je klientů (jeden? tisíc? lze počet regulovat? jak?)
  • jaký bude mechanismus kontroly oprávnění, co vše bude zohledňovat?
  • pokud jde o uživatelské rozhraní, jak bude vypadat, jak se bude chovat (co bude na formuláři, co se stane, když uživatel klikne sem nebo tam, má mu textové pole napovídat a jak?)
Pak pokračujte o něco blíž programování ...
  • jaký bude vliv na zátěž HW, nároky na disk, paměť, sítě?
  • alternativy technologií i přístupů
  • rizika – kde se dá očekávat problém? Dá se předejít prototypováním, matematickým modelováním, sběrem a statistickou analýzou dat?
Po pravdě taky se mi nechce psát analýzy, ale chuť se dá vylepšit právě prototypováním (něco naprogramujete, ale pak to vyhodíte, jen si zkusíte nějakou cestu) a i samotným faktem, že z napsané analýzy se všemi těmi nápady kolem má její autor mnohem lepší pocit, už protože ho navštívila řada dalších nápadů a inspirací, co s čím souvisí a jak by to asi mohlo být dobře.

Pravda, tu chuť obvykle trochu pokazí zákazník nebo kolegové-oponenti, ale po pár iteracích mají nakonec lepší pocit všichni a těší se, až to uvidí „žít“.

Dvakrát měř, jednou řež


Pozitivní je též to, že už se obvykle nezmýlíte v odhadu pracnosti řádově, byť tento odhad obvykle všechny šokuje, nakonec se ho dokonce možná i podaří dodržet, což je známka profesionality – samozřejmě se objeví také nápady, co seškrtat nebo odložit.

Při vývoji software není tolik důležitý materiál, o to důležitější je ale čas, který se velmi špatně odhaduje. Pro vysoké odhady obvykle nemá zákazník pochopení, na druhou stranu se rozhodně nevyplatí mu lhát a dávat mu jakkoliv optimistický odhad. Mnohem lepší je dát odhad spíše pesimistický a později třeba i zákazníkovi nabídnout slevu (což se ovšem málokdy stává, dělá to ale výborný dojem). 

Ošizením analýzy nebo interních testů a kontrol se také nic získat nedá, naopak dodáním „milestone“ verze k otestování zákazníkem nebo dokonce zatažením zákazníka do testování aplikace se dá vyhnout spoustě nedorozumění i problémů při akceptaci.
Tím spíš je pro obě strany dobré mít vše „na papíře“ - nikdy by pak neměl nastat stav, kdy zákazník dluží dodavateli několik milionů za vývoj aplikace, které odmítá zaplatit s tím, že půl roku o dodavateli neslyšel a nakonec se dodavatel pokusil předat něco, co není zákazníkovi k ničemu.

Interní (hlavně automatické) testy a kontroly však rozhodně neslouží k náhradě zákazníka, nýbrž k pokrytí celé řady cílů. Zákazník téměř nikdy netestuje aplikaci kompletně, ale spíše ověřuje, jestli plní jeho očekávání. Při tomto ověřování může dojít i ke změně požadavků zákazníka a prodražení aplikace – následovat musí dohoda, jak bude změna financována a jak je velká oproti stávajícímu zadání.

Automatické testy naopak pokrývají na různých úrovních:
  • zafixování již implementovaného chování
  • otestování funkcionalit, které testera napadly, nicméně není žádná záruka, že na ně narazí při ověřování zákazník (!)
  • otestování hraničních případů
  • otestování různých uživatelských scénářů
Z toho celkem jasně vyplývá, že část pokrytí kódu testy je nutně duplicitní – a přitom je velmi obtížné dosáhnout pokrytí 100%. Ten háček je ovšem v tom, že klíčové není pokrytí kódu testy, nýbrž pokrytí všech možných (tj. i velmi nepravděpodobných) scénářů včetně chybových. Vypočtené pokrytí kódu testy je jen pomůcka, protože žádný software nikdy nedokáže posoudit, jaký rejstřík kombinací stavů a událostí vůbec může nastat, natož které jsou vlastně důležité. 

Ve výsledku tudíž není až tak důležité procento pokrytí, mnohem důležitější je procento nepokrytého kódu, tj. kódu, přes který žádný automatický test ze všech sad vůbec neprošel. Není zrovna tam chyba? Dělá to to, co chcete?
Samozřejmě ani naopak pokrytí kódu testy neříká, že pokrytý kód je správně – pouze to, že nějaký test tudy prošel. Znovu tudy opakuji, pokrytí kódu testy jsou jen pomůcka; podmínka nutná, nikoliv postačující.

Proč jsem sklouzl k testům?


Protože první testy nelze psát na základě ničeho jiného než je nějaká forma analýzy, obzvlášť u přístupu „test driven development“, alespoň pokud chcete minimalizovat psaní zbytečného kódu i testů, které později zahodíte nebo v horším případě neužitečně ponecháte v aplikaci, čímž pro změnu prodražíte budoucí údržbu.

Prostě to udělejte dobře – a ne, tohle vážně není Vodopádový model vývoje, vše se dělá iterativně. Už na začátku je ale dobré mít alespoň hrubou představu, co že to vlastně vyvíjíte, a během chvíle doženete „rychlíky“, kteří se řídí instinktem, díky kterému se ale brzy začnou točit v kruhu. 
 
Myslíte, že ne?

P.S.: Příště už radši něco praktického ... ;)
Vystavil v Žádné komentáře:
Štítky: , , , , ,

pátek 6. října 2017

REST Web Services with Jackson, Jersey and Payara Micro ... Level II

So ... I will continue with experiments started here and do some real work ... I continued to extend the API introduced in the recent blog, and I encountered some new problems ... for example I could not send a java.util.List in REST response with the same error as I already resolved in the request and also dates were only serialized (have you ever tried to serialize the GregorianCalendar instance?).
So i started to search on StackOverflow and found several solution - but neither one worked or at least it was not easy and nice. Then I started to think how it all works ... ;-)
Now I will stop talking, see the solution. I created new implementation of the web service to be more comprehensible what it does:

Jackson and Jersey

I am so dumb, do you know that? I mixed up these two names so long! So, what is the difference?
  • Jersey is the reference implementation of JAX-RS API. Nothing more to say. THE core. It's home is here. 
  • Jackson enhances the Jersey with much more stuff to be really usable. It's home is here. 
And this is a part of pom.xml of the web services war; versions are defined in some parent POM: 
    
    <!-- to use ResourceConfig class -->
    <dependency>
      <groupid>org.glassfish.jersey.core</groupid>
      <artifactid>jersey-server</artifactid>
    </dependency>
    <!-- to use JDK8 and other features, like java.time API or automatic ISO time formatting -->
    <dependency>
      <groupid>com.fasterxml.jackson.datatype</groupid>
      <artifactid>jackson-datatype-jdk8</artifactid>
      <scope>compile</scope>
    </dependency>
    <dependency>
      <groupid>org.apache.logging.log4j</groupid>
      <artifactid>log4j-api</artifactid>
      <scope>provided</scope>
    </dependency>
    <dependency>
      <groupid>org.apache.logging.log4j</groupid>
      <artifactid>log4j-core</artifactid>
      <scope>provided</scope>
    </dependency>
    <dependency>
      <groupid>org.apache.commons</groupid>
      <artifactid>commons-lang3</artifactid>
      <scope>compile</scope>
    </dependency>

    <!-- to have better javadocs than in javaee-api -->
    <dependency>
      <groupid>javax.ws.rs</groupid>
      <artifactid>javax.ws.rs-api</artifactid>
      <scope>provided</scope>
    </dependency>    

    <!-- to have all Java EE 7 specifications in one dependency, but to have also the older javadoc -->
    <dependency>
      <groupid>javax</groupid>
      <artifactid>javaee-api</artifactid>
      <scope>provided</scope>
    </dependency>

ResouceConfig class

This class should be in root package of all your REST services - see calling of the method named packages in the constructor, that is the magic; it enables the annotation processing. And you know, there is more magic hidden in Maven dependencies not enabled by default. What I didn't know in first blog is that even Jackson is already in Glassfish/Payara (but not everything, see the dependencies again!). 

package org.dmatej.experiment.rest;

import javax.ws.rs.ApplicationPath;
import org.glassfish.jersey.server.ResourceConfig;
 

@ApplicationPath("") // use the application root
public class RestAppConfig extends ResourceConfig {
  public RestAppConfig() {
    packages(//
        RestAppConfig.class.getPackage().getName(), // search annotations in this class's package
        "com.fasterxml.jackson"// search in jackson's package
    );
  }
}

ContextResolver interface 

We enabled Jersey and Jackson, but that was not enough! Now we have to enable also the Jackson's extension modules. 

package org.dmatej.experiment.rest;

import javax.ws.rs.ext.ContextResolver;
import javax.ws.rs.ext.Provider;
import com.fasterxml.jackson.databind.ObjectMapper;
import com.fasterxml.jackson.databind.SerializationFeature;
import com.fasterxml.jackson.datatype.jdk8.Jdk8Module;
 

@Provider
public class ObjectMapperContextResolver implements ContextResolver {

  private final ObjectMapper MAPPER;

  public ObjectMapperContextResolver() {
    MAPPER = new ObjectMapper();

// This did not find the Jdk8Module
    MAPPER.findAndRegisterModules();
    // enables ISO time parsing and formatting in REST communication.
    MAPPER.registerModule(new Jdk8Module());

    MAPPER.configure(SerializationFeature.WRITE_DATES_AS_TIMESTAMPS, false);
  }

  @Override
  public ObjectMapper getContext(Class type) {
    return MAPPER;
  }
}

And now the web service

Now it is pretty trivial and it will do what I expected. No unexplainable errors.

I think this blog entry is big enough and the implementation of Measurement transfer object is trivial, also MeasurementSaveResponse is trivial - it contains list of invalid records and some monitoring data.

The problem was the list - Jersey accepted list as a parameter but had thrown an exception if the list was in the response. Now I don't even need ArrayList in parameters and I can declare an abstract List. It also seems that those transfer objects don't need to have a complete set of getters and setters; Jersey uses reflection. 

package org.dmatej.experiment;

import java.time.LocalDateTime;
import java.time.ZoneId;
import java.util.ArrayList;
import java.util.List;
import java.util.stream.Collectors;

import javax.ejb.EJB;
import javax.ws.rs.Consumes;
import javax.ws.rs.POST;
import javax.ws.rs.Path;
import javax.ws.rs.PathParam;
import javax.ws.rs.Produces;
import javax.ws.rs.core.GenericEntity;
import javax.ws.rs.core.MediaType;
import javax.ws.rs.core.Response;

import org.apache.logging.log4j.LogManager;
import org.apache.logging.log4j.Logger;

@Path("measurement")
public class MeasurementRestService {

  private static final Logger LOG = LogManager.getLogger(MeasurementRestService.class);

  // we are stateless, you know ...
  private List refusedMeasurements = new ArrayList<>();

  @POST
  @Path("save/{id1}/{id2}")
  @Consumes(MediaType.APPLICATION_JSON)
  @Produces(MediaType.APPLICATION_JSON)
  public Response save(//
      @PathParam("id1") final String id1, //
      @PathParam("id2") final String id2, //
      final List measurements) {

    final long start = System.currentTimeMillis();
    LOG.trace("save(id1={}, id2={}, measurements={})", id1, id2, measurements);

// invalid elements of the collection are moved to the refusedMeasurements collection.
    process(id1, id2, measurements);

    final MeasurementSaveResponse response = new MeasurementSaveResponse();
    response.setTimeInMillis(System.currentTimeMillis() - start);
    response.setRefusedMeasurements(this.refusedMeasurements);
    final Response restResponse = Response.ok(new GenericEntity<>(response, response.getClass())).build();
    return restResponse;
  }

Payara Micro and Uber jar 

No changes since the first blog. But we did not try it!

Call the web service! 


mvn clean install; mvn fish.payara.maven.plugins:payara-micro-maven-plugin:start -pl :experiment-uberjar

... and it will start: 

[2017-10-05T22:33:11.850+0200] [] [INFO] [] [javax.enterprise.system.core] [tid: _ThreadID=1 _ThreadName=main] [timeMillis: 1507235591850] [levelValue: 800] experiment-ws-0.0.1-SNAPSHOT was successfully deployed in 3 118 milliseconds.

[2017-10-05T22:33:11.851+0200] [] [INFO] [] [PayaraMicro] [tid: _ThreadID=1 _ThreadName=main] [timeMillis: 1507235591851] [levelValue: 800] Deployed 1 archive(s)

[2017-10-05T22:33:11.852+0200] [] [INFO] [] [PayaraMicro] [tid: _ThreadID=1 _ThreadName=main] [timeMillis: 1507235591852] [levelValue: 800] [[
 
Instance Configuration
Host: localhost
HTTP Port(s): 8080
HTTPS Port(s):
Instance Name: payara-micro
Instance Group: no-cluster
Deployed: experiment-ws-0.0.1-SNAPSHOT ( experiment-ws-0.0.1-SNAPSHOT war /experiment-ws-0.0.1-SNAPSHOT )

]]

[2017-10-05T22:33:11.865+0200] [] [INFO] [] [PayaraMicro] [tid: _ThreadID=1 _ThreadName=main] [timeMillis: 1507235591865] [levelValue: 800] [[
 
Payara Micro URLs
http://localhost:8080/experiment-ws-0.0.1-SNAPSHOT

'experiment-ws-0.0.1-SNAPSHOT' REST Endpoints
POST    /experiment-ws-0.0.1-SNAPSHOT/measurement/save/{id1}/{id2}

]]

[2017-10-05T22:33:11.865+0200] [] [INFO] [] [PayaraMicro] [tid: _ThreadID=1 _ThreadName=main] [timeMillis: 1507235591865] [levelValue: 800] Payara Micro  4.1.2.173 #badassmicrofish (build 25) ready in 13 959 (ms)

Then open another console and run several curls: 

curl -H "Content-Type: application/json" -X OPTIONS -i http://localhost:8080/experiment-ws-0.0.1-SNAPSHOT/measurement/save/dm790321/xxx;
HTTP/1.1 200 OK
Server: Payara Micro #badassfish
Allow: POST,OPTIONS
Last-modified:  t, 05 X j 2017 11:18:02 CEST
Content-Type: application/vnd.sun.wadl+xml
Date: Thu, 05 Oct 2017 09:18:02 GMT
Content-Length: 715

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" standalone="yes"?>
<application xmlns="http://wadl.dev.java.net/2009/02">
    <doc xmlns:jersey="http://jersey.java.net/" jersey:generatedBy="Jersey: 2.25.1 2017-01-19 16:23:50"/>
    <grammars/>
    <resources base="http://localhost:8080/experiment-ws-0.0.1-SNAPSHOT/">
        <resource path="measurement/save/dm790321/xxx">
            <method id="save" name="POST">
                <request>
                    <representation mediaType="application/json"/>
                </request>
                <response>
                    <representation mediaType="*/*"/>
                </response>
            </method>
        </resource>
    </resources>
</application>
Another example: 

curl -H "Content-Type: application/json" -X GET -i http://localhost:8080/experiment-ws-0.0.1-SNAPSHOT/application.wadl?detail=true
HTTP/1.1 200 OK
Server: Payara Micro #badassfish
Last-modified:  t, 05 X j 2017 15:59:02 CEST
Content-Type: application/vnd.sun.wadl+xml
Date: Thu, 05 Oct 2017 13:59:02 GMT
Content-Length: 5491

<application xmlns="http://wadl.dev.java.net/2009/02">
    <doc jersey:generatedby="Jersey: 2.25.1 2017-01-19 16:23:50" xmlns:jersey="http://jersey.java.net/">
    <doc jersey:hint="This is full WADL including extended resources. To get simplified WADL with users resources only do not use the query parameter detail. Link: http://localhost:8080/experiment-ws-0.0.1-SNAPSHOT/application.wadl" xmlns:jersey="http://jersey.java.net/">
    <grammars>
        <include href="application.wadl/xsd0.xsd">
            <doc title="Generated" xml:lang="en">
        </doc></include>
    </grammars>
    <resources base="http://localhost:8080/experiment-ws-0.0.1-SNAPSHOT/">
        <resource path="measurement">
            <resource path="save/{id1}/{id2}">
                <param name="id1" type="xs:string" xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema" />
                <param name="id2" type="xs:string" xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema" />
                <method id="save" name="POST">
                    <request>
                        <representation mediatype="application/json">
                    </representation></request>
                    <response>
                        <representation mediatype="application/json">
                    </representation></response>
                </method>
                <method id="apply" name="OPTIONS">
                    <request>
                        <representation mediatype="*/*">
                    </representation></request>
                    <response>
                        <representation mediatype="application/vnd.sun.wadl+xml">
                    </representation></response>
                    <jersey:extended xmlns:jersey="http://jersey.java.net/">true</jersey:extended>
                </method>
                <method id="apply" name="OPTIONS">
                    <request>
                        <representation mediatype="*/*">
                    </representation></request>
                    <response>
                        <representation mediatype="text/plain">
                    </representation></response>
                    <jersey:extended xmlns:jersey="http://jersey.java.net/">true</jersey:extended>
                </method>
                <method id="apply" name="OPTIONS">
                    <request>
                        <representation mediatype="*/*">
                    </representation></request>
                    <response>
                        <representation mediatype="*/*">
                    </representation></response>
                    <jersey:extended xmlns:jersey="http://jersey.java.net/">true</jersey:extended>
                </method>
            </resource>
        </resource>
        <resource path="application.wadl">
            <method id="getWadl" name="GET">
                <response>
                    <representation mediatype="application/vnd.sun.wadl+xml">
                    <representation mediatype="application/xml">
                </representation></representation></response>
                <jersey:extended xmlns:jersey="http://jersey.java.net/">true</jersey:extended>
            </method>
            <method id="apply" name="OPTIONS">
                <request>
                    <representation mediatype="*/*">
                </representation></request>
                <response>
                    <representation mediatype="text/plain">
                </representation></response>
                <jersey:extended xmlns:jersey="http://jersey.java.net/">true</jersey:extended>
            </method>
            <method id="apply" name="OPTIONS">
                <request>
                    <representation mediatype="*/*">
                </representation></request>
                <response>
                    <representation mediatype="*/*">
                </representation></response>
                <jersey:extended xmlns:jersey="http://jersey.java.net/">true</jersey:extended>
            </method>
            <resource path="{path}">
                <param name="path" type="xs:string" xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema" />
                <method id="getExternalGrammar" name="GET">
                    <response>
                        <representation mediatype="application/xml">
                    </representation></response>
                    <jersey:extended xmlns:jersey="http://jersey.java.net/">true</jersey:extended>
                </method>
                <method id="apply" name="OPTIONS">
                    <request>
                        <representation mediatype="*/*">
                    </representation></request>
                    <response>
                        <representation mediatype="text/plain">
                    </representation></response>
                    <jersey:extended xmlns:jersey="http://jersey.java.net/">true</jersey:extended>
                </method>
                <method id="apply" name="OPTIONS">
                    <request>
                        <representation mediatype="*/*">
                    </representation></request>
                    <response>
                        <representation mediatype="*/*">
                    </representation></response>
                    <jersey:extended xmlns:jersey="http://jersey.java.net/">true</jersey:extended>
                </method>
                <jersey:extended xmlns:jersey="http://jersey.java.net/">true</jersey:extended>
            </resource>
            <jersey:extended xmlns:jersey="http://jersey.java.net/">true</jersey:extended>
        </resource>
    </resources>
</doc></doc></application>
And finally, let's try timestamp and lists!: 

curl -H "Content-Type: application/json" -X POST -d '[{"timestamp":"2017-03-25T15:33:11.000+02:00", "channel":"15", "variable":"XXX", "value":"18"}, {"timestamp":"2017-03-25T15:33:11.000+02:00", "channel":"15", "variable":"XXX", "value":[null]}, {"timestamp":"2017-03-25T15:33:11.000+02:00", "channel":"15", "variable":[null], "value":"18"}]' -i http://localhost:8080/experiment-ws-0.0.1-SNAPSHOT/measurement/save/dm790321/fffff;
HTTP/1.1 200 OK
Server: Payara Micro #badassfish
Content-Type: application/json
Date: Thu, 05 Oct 2017 13:47:05 GMT
Content-Length: 132

{"countOfAccepted":2,"refusedMeasurements":[{"channel":15,"timestamp":"2017-03-25T15:33:11+02:00","value":18.0}],"timeInMillis":244}
Vystavil v Žádné komentáře:
Štítky: , , , , , ,

úterý 12. září 2017

Experiments with the Payara Micro, level I

New company, new project, new technologies. Okay, I'm experimenting with Payara Micro. Payara team produces more and more examples in several blogs, but they are very trivial and not always usable in production environment. At this time I'm not sure if I would be able to do the evolution to the final professional system, but it is not a problem, because the application modules are simply Java EE standard modules.
The difference is only in final organisation of the modules, deployment and container configuration, so I can create the standard EAR application in parallel to UBER jar with the Payara Micro. So this style of development is perfectly safe.

Target 

Application with the following modules:
  • DAO and bussines logic service module (JPA, JTA, EJB, CDI?), created but nearly empty in this blog 
  • Web service module (JAX-RS), only one simple service method in this blog 
  • GUI module (JSF), not resolved in this blog 
And project will have also following aggregation alternatives:
  • Uber JAR with Payara Micro - experimental, responsive development 
  • EAR for standard Payara domain 
The reason for this separation of modules is that a JSF GUI application obviously have different requirements than a Web service application. It might not be a problem for some time, but it could be a problem later. This is not any premature optimization - this will force developers to keep in mind the separation line between modules and maybe to create some clean API. That will help right now and it will be simplier to split it later.

There may be even more Maven modules:
  • superpom - common Maven plugin configurations, basic dependency management 
  • project parent - aggregator of all project modules 
  • integration tests for the web service module 
  • selenium tests for the gui module

Dead-end streets and good streets 

Well, I had hard two days with the Payara Micro. Blogs helped, but I always needed more and I was always stucked in some weird state. Yes, it was always my fault, but ... okay, now you can learn from my mistakes.

LOG4J2 

I used LOG4J with SLF4J for many years, it was pretty trivial to make it work and a bit harder to grab logs of embedded Payara in integration tests. I have found a memory leak in old LOG4J's reconfiguration and I know perhaps everything about that.
Now it is worthless with LOG4J2. But finally the configuration was also simple despite I still have not found a way to merge logs of the application and Payara. Example log4j2.properties, seems like a good street: 
status = info
dest = err
name = PropertiesConfig
#log4j2.debug = true

property.path = target/logs

filter.threshold.type = ThresholdFilter
filter.threshold.level = debug

appender.console.type = Console
appender.console.name = STDOUT
appender.console.layout.type = PatternLayout
appender.console.layout.pattern = %m%n
appender.console.filter.threshold.type = ThresholdFilter
appender.console.filter.threshold.level = info

appender.rolling.type = RollingFile
appender.rolling.name = RollingFile
appender.rolling.fileName = ${path}/experiment-ws.log
appender.rolling.filePattern = ${path}/experiment-ws-%d{MM-dd-yy-HH-mm-ss}-%i.log.gz
appender.rolling.layout.type = PatternLayout
appender.rolling.layout.pattern = %d %p %C{2.} [%t] %m%n
appender.rolling.policies.type = Policies
appender.rolling.policies.time.type = TimeBasedTriggeringPolicy
appender.rolling.policies.time.interval = 2
appender.rolling.policies.time.modulate = true
appender.rolling.policies.size.type = SizeBasedTriggeringPolicy
appender.rolling.policies.size.size=1024MB
appender.rolling.strategy.type = DefaultRolloverStrategy
appender.rolling.strategy.max = 1

logger.ws.name = org.dmatej
logger.ws.level = debug
logger.ws.additivity = false
logger.ws.appenderRef.file.ref = RollingFile

rootLogger.level = debug
rootLogger.appenderRef.stdout.ref = STDOUT
rootLogger.appenderRef.file.ref = RollingFile

JAX-RS, lists ... Jackson!

Creating the first JAX-RS web service is pretty trivial ... you need two classes, first to configure the context of services in the module, second to implement the service: 

import javax.ws.rs.ApplicationPath;
import org.apache.logging.log4j.LogManager;
import org.apache.logging.log4j.Logger;
import org.glassfish.jersey.server.ResourceConfig;

@ApplicationPath("rs")
public class RestAppConfig extends ResourceConfig {

  private static final Logger LOG = LogManager.getLogger(RestAppConfig.class);

  public RestAppConfig() {
    LOG.debug("RestAppConfig()");
    try {
      packages(RestAppConfig.class.getPackage().getName());
      LOG.info("REST configured!");
    } catch (final Exception e) {
      LOG.error("Cannot configure the REST web services!", e);
    }
  }
}
And the second: 

import java.util.Arrays;
import java.util.List;
import javax.ws.rs.GET;
import javax.ws.rs.Path;
import javax.ws.rs.Produces;
import javax.ws.rs.core.MediaType;
import javax.ws.rs.core.Response;

@Path("user")
public class UserRestService {

  @GET
  @Path("list")
  @Produces(MediaType.APPLICATION_JSON)
  public Response list() {
    final List<String> list = Arrays.asList("Křemílek", "Vochomůrka"); // UTFG ;-)
    return Response.ok(list).build();
  }
}
Maven command to run the application, it will be used in all following examples: 
 mvn clean install;  mvn fish.payara.maven.plugins:payara-micro-maven-plugin:start -pl :experiment-uberjar
Final part of the log: 

[2017-09-12T16:31:25.369+0200] [] [INFO] [AS-WEB-GLUE-00172] [javax.enterprise.web] [tid: _ThreadID=1 _ThreadName=main] [timeMillis: 1505226685369] [levelValue: 800] Loading application [experiment-ws-0.0.1-SNAPSHOT] at [/experiment-ws-0.0.1-SNAPSHOT]

[2017-09-12T16:31:25.681+0200] [] [INFO] [] [javax.enterprise.system.core] [tid: _ThreadID=1 _ThreadName=main] [timeMillis: 1505226685681] [levelValue: 800] experiment-ws-0.0.1-SNAPSHOT was successfully deployed in 12 472 milliseconds.

[2017-09-12T16:31:25.685+0200] [] [INFO] [] [PayaraMicro] [tid: _ThreadID=1 _ThreadName=main] [timeMillis: 1505226685685] [levelValue: 800] Deployed 1 archive(s)

[2017-09-12T16:31:25.686+0200] [] [INFO] [] [PayaraMicro] [tid: _ThreadID=1 _ThreadName=main] [timeMillis: 1505226685686] [levelValue: 800] [[
 
Instance Configuration
Host: dmatej-lenovo
HTTP Port(s): 8080
HTTPS Port(s):
Instance Name: Frail-Barracuda
Instance Group: MicroShoal
Hazelcast Member UUID cbddb9aa-5f21-4ee1-984f-78be942124d4
Deployed: experiment-ws-0.0.1-SNAPSHOT ( experiment-ws-0.0.1-SNAPSHOT war /experiment-ws-0.0.1-SNAPSHOT )

]]

[2017-09-12T16:31:25.702+0200] [] [INFO] [] [PayaraMicro] [tid: _ThreadID=1 _ThreadName=main] [timeMillis: 1505226685702] [levelValue: 800] [[
 
Payara Micro URLs
http://dmatej-lenovo:8080/experiment-ws-0.0.1-SNAPSHOT

'experiment-ws-0.0.1-SNAPSHOT' REST Endpoints
GET     /experiment-ws-0.0.1-SNAPSHOT/rs/user/list

]]
Ok, that was pretty simple. But the service does not work and ends up with HTTP 500 (try it with browser): 

[2017-09-12T20:19:02.013+0200] [] [SEVERE] [] [org.glassfish.jersey.message.internal.WriterInterceptorExecutor] [tid: _ThreadID=22 _ThreadName=http-thread-pool::http-listener(3)] [timeMillis: 1505240342013] [levelValue: 1000] MessageBodyWriter not found for media type=application/json, type=class java.util.Arrays$ArrayList, genericType=class java.util.Arrays$ArrayList.

Solution 

Only add the dependency on Jackson to pom.xml and the following line as the first to the RestAppConfig's constructor: 
register(JacksonFeature.class);
The final pom.xml of the ws module: 

 <project xmlns="http://maven.apache.org/POM/4.0.0" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation="http://maven.apache.org/POM/4.0.0 http://maven.apache.org/xsd/maven-4.0.0.xsd">
  <modelVersion>4.0.0</modelVersion>
  <artifactId>experiment-ws</artifactId>
  <packaging>war</packaging>
  <name>Experiment - Web Services</name>
  <parent>
    <groupId>org.dmatej.experiment</groupId>
    <artifactId>parent-pom</artifactId>
    <version>0.0.1-SNAPSHOT</version>
    <relativePath>..</relativePath>
  </parent>
  <dependencies>
    <dependency>
      <groupId>org.apache.logging.log4j</groupId>
      <artifactId>log4j-api</artifactId>
    </dependency>
    <dependency>
      <groupId>org.apache.logging.log4j</groupId>
      <artifactId>log4j-core</artifactId>
    </dependency>
    <dependency>
      <groupId>javax.ws.rs</groupId>
      <artifactId>javax.ws.rs-api</artifactId>
    </dependency>
    <dependency>
      <groupId>javax</groupId>
      <artifactId>javaee-api</artifactId>
    </dependency>
    <!-- to use optimized JAX-RS configuration -->
    <dependency>
      <groupId>org.glassfish.jersey.core</groupId>
      <artifactId>jersey-server</artifactId>
    </dependency>
    <!-- to simply use lists in JSONs -->
    <dependency>
      <groupId>org.glassfish.jersey.media</groupId>
      <artifactId>jersey-media-json-jackson</artifactId>
    </dependency>
  </dependencies>
  <build>
    <resources>
      <resource>
        <directory>src/main/resources</directory>
        <filtering>false</filtering>
        <includes>
          <include>**/*.properties</include>
        </includes>
      </resource>
    </resources>
  </build>
</project>

JDBC Pool 

This was a real pain but solution was so simple ... do you know what I hate? NullpointerException. In fact I appreciate that it exists, because it tells "the programmer was not careful". And if the programmer was not careful, it is a bug - maybe even trivial to fix. But another exception I have seen was ClassNotFoundException ... This is the pom.xml of the UBER jar: 

<project xmlns="http://maven.apache.org/POM/4.0.0" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation="http://maven.apache.org/POM/4.0.0 http://maven.apache.org/xsd/maven-4.0.0.xsd">
  <modelVersion>4.0.0</modelVersion>
  <groupId>org.dmatej.experiment</groupId>
  <artifactId>experiment-uberjar</artifactId>
  <version>0.0.1-SNAPSHOT</version>
  <name>Experiment Uberjar</name>
  <parent>
    <groupId>org.dmatej.experiment</groupId>
    <artifactId>superpom</artifactId>
    <version>0.0.1-SNAPSHOT</version>
  </parent>
  <build>
    <resources>
      <resource>
        <directory>src/main/resources</directory>
        <filtering>false</filtering>
        <includes>
          <include>**/*.txt</include>
        </includes>
      </resource>
    </resources>
    <plugins>
      <!-- HOWTO: https://github.com/payara/maven-plugins -->
      <plugin>
        <groupId>fish.payara.maven.plugins</groupId>
        <artifactId>payara-micro-maven-plugin</artifactId>
        <version>1.0.0</version>
        <executions>
          <execution>
            <goals>
              <goal>bundle</goal>
            </goals>
          </execution>
        </executions>
        <configuration>
          <payaraVersion>4.1.2.173</payaraVersion>
          <useUberJar>true</useUberJar>
          <deployArtifacts>
            <deployArtifact>
              <groupId>org.dmatej.experiment</groupId>
              <artifactId>experiment-ws</artifactId>
              <version>${project.version}</version>
              <type>war</type>
            </deployArtifact>
          </deployArtifacts>
          <customJars>
            <customJar>
              <groupId>org.apache.logging.log4j</groupId>
              <artifactId>log4j-api</artifactId>
            </customJar>
            <customJar>
              <groupId>org.apache.logging.log4j</groupId>
              <artifactId>log4j-core</artifactId>
            </customJar>
            <customJar>
              <groupId>mysql</groupId>
              <artifactId>mysql-connector-java</artifactId>
            </customJar>
          </customJars>
          <commandLineOptions>
            <commandLineOption>
              <key>--autobindhttp</key>
              <value>true</value>
            </commandLineOption>
            <commandLineOption>
              <key>--prebootcommandfile</key>
              <value>${project.build.outputDirectory}/prepare-resources.txt</value>
            </commandLineOption>
          </commandLineOptions>
        </configuration>
      </plugin>
    </plugins>
  </build>
</project>
The prepare-resources.txt was this (note that empty lines are interpreted as an error): 

set configs.config.server-config.admin-service.das-config.dynamic-reload-enabled=false
set configs.config.server-config.admin-service.das-config.autodeploy-enabled=false
create-jdbc-connection-pool --datasourceclassname com.mysql.cj.jdbc.MysqlDataSource --restype javax.sql.DataSource --property user=test:password=test:DatabaseName=experiment_test:ServerName=localhost:port=3306:zeroDateTimeBehavior=convertToNull:useUnicode=true:useJDBCCompliantTimezoneShift=true:useLegacyDatetimeCode=true:serverTimezone=UTC:characterEncoding=UTF-8 experiment-mysql
set resources.jdbc-connection-pool.experiment-mysql.steady-pool-size=5
set resources.jdbc-connection-pool.experiment-mysql.max-pool-size=20
set resources.jdbc-connection-pool.experiment-mysql.connection-validation-method=auto-commit
set resources.jdbc-connection-pool.experiment-mysql.is-connection-validation-required=true
set resources.jdbc-connection-pool.experiment-mysql.fail-all-connections=true
ping-connection-pool experiment-mysql
But it did not work, server startup failed and I had no idea why ... and Payara did not help me ... there were two kind of stacktraces: 

java.lang.RuntimeException: Orb initialization erorr
        at org.glassfish.enterprise.iiop.api.GlassFishORBHelper.getORB(GlassFishORBHelper.java:191)
        at com.sun.enterprise.naming.impl.SerialContext.getORB(SerialContext.java:349)
        at com.sun.enterprise.naming.impl.SerialContext.getProviderCacheKey(SerialContext.java:356)
        at com.sun.enterprise.naming.impl.SerialContext.getRemoteProvider(SerialContext.java:386)
        at com.sun.enterprise.naming.impl.SerialContext.getProvider(SerialContext.java:331)
        at com.sun.enterprise.naming.impl.SerialContext.lookup(SerialContext.java:480)
        at com.sun.enterprise.naming.impl.SerialContext.lookup(SerialContext.java:440)
        at javax.naming.InitialContext.lookup(InitialContext.java:417)
        at org.glassfish.resourcebase.resources.naming.ResourceNamingService.lookup(ResourceNamingService.java:236)
        at com.sun.enterprise.connectors.service.ConnectorConnectionPoolAdminServiceImpl.getConnectorConnectionPool(ConnectorConnectionPoolAdminServiceImpl.java:799)
        at com.sun.enterprise.connectors.service.ConnectorConnectionPoolAdminServiceImpl.obtainManagedConnectionFactory(ConnectorConnectionPoolAdminServiceImpl.java:938)
        at com.sun.enterprise.connectors.service.ConnectorConnectionPoolAdminServiceImpl.getUnpooledConnection(ConnectorConnectionPoolAdminServiceImpl.java:549)
        at com.sun.enterprise.connectors.service.ConnectorConnectionPoolAdminServiceImpl.testConnectionPool(ConnectorConnectionPoolAdminServiceImpl.java:430)
        at com.sun.enterprise.connectors.ConnectorRuntime.pingConnectionPool(ConnectorRuntime.java:1162)
        at org.glassfish.connectors.admin.cli.PingConnectionPool.execute(PingConnectionPool.java:143)
        at com.sun.enterprise.v3.admin.CommandRunnerImpl$2$1.run(CommandRunnerImpl.java:544)
        at com.sun.enterprise.v3.admin.CommandRunnerImpl$2$1.run(CommandRunnerImpl.java:540)
        at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method)
        at javax.security.auth.Subject.doAs(Subject.java:360)
        at com.sun.enterprise.v3.admin.CommandRunnerImpl$2.execute(CommandRunnerImpl.java:539)
        at com.sun.enterprise.v3.admin.CommandRunnerImpl$3.run(CommandRunnerImpl.java:570)
        at com.sun.enterprise.v3.admin.CommandRunnerImpl$3.run(CommandRunnerImpl.java:562)
        at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method)
        at javax.security.auth.Subject.doAs(Subject.java:360)
        at com.sun.enterprise.v3.admin.CommandRunnerImpl.doCommand(CommandRunnerImpl.java:561)
        at com.sun.enterprise.v3.admin.CommandRunnerImpl.doCommand(CommandRunnerImpl.java:1469)
        at com.sun.enterprise.v3.admin.CommandRunnerImpl.access$1300(CommandRunnerImpl.java:111)
        at com.sun.enterprise.v3.admin.CommandRunnerImpl$ExecutionContext.execute(CommandRunnerImpl.java:1851)
        at com.sun.enterprise.v3.admin.CommandRunnerImpl$ExecutionContext.execute(CommandRunnerImpl.java:1727)
        at com.sun.enterprise.admin.cli.embeddable.CommandExecutorImpl.executeCommand(CommandExecutorImpl.java:169)
        at com.sun.enterprise.admin.cli.embeddable.CommandExecutorImpl.run(CommandExecutorImpl.java:94)
        at fish.payara.micro.boot.runtime.BootCommand.execute(BootCommand.java:65)
        at fish.payara.micro.boot.runtime.BootCommands.executeCommands(BootCommands.java:105)
        at fish.payara.micro.boot.runtime.BootCommands.executeCommands(BootCommands.java:99)
        at fish.payara.micro.impl.PayaraMicroImpl.bootStrap(PayaraMicroImpl.java:987)
        at fish.payara.micro.impl.PayaraMicroImpl.main(PayaraMicroImpl.java:186)
        at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method)
        at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(NativeMethodAccessorImpl.java:62)
        at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(DelegatingMethodAccessorImpl.java:43)
        at java.lang.reflect.Method.invoke(Method.java:498)
        at fish.payara.micro.boot.loader.MainMethodRunner.run(MainMethodRunner.java:48)
        at fish.payara.micro.boot.loader.Launcher.launch(Launcher.java:107)
        at fish.payara.micro.boot.loader.Launcher.launch(Launcher.java:70)
        at fish.payara.micro.boot.PayaraMicroLauncher.main(PayaraMicroLauncher.java:79)
        at fish.payara.micro.PayaraMicro.main(PayaraMicro.java:361)
Caused by: java.lang.NullPointerException
        at org.glassfish.enterprise.iiop.api.GlassFishORBHelper.getORB(GlassFishORBHelper.java:163)
        ... 44 more
[2017-09-12T21:42:28.782+0200] [] [SEVERE] [] [javax.enterprise.resource.resourceadapter.com.sun.enterprise.connectors] [tid: _ThreadID=1 _ThreadName=main] [timeMillis: 1505245348782] [levelValue: 1000] RAR6001 : Class Not found : com.sun.gjc.spi.ResourceAdapterImpl


com.sun.appserv.connectors.internal.api.ConnectorRuntimeException: Error in creating active RAR
        at com.sun.enterprise.connectors.ActiveRAFactory.createActiveResourceAdapter(ActiveRAFactory.java:111)
        at com.sun.enterprise.connectors.service.ResourceAdapterAdminServiceImpl.createActiveResourceAdapter(ResourceAdapterAdminServiceImpl.java:212)
        at com.sun.enterprise.connectors.service.ResourceAdapterAdminServiceImpl.createActiveResourceAdapter(ResourceAdapterAdminServiceImpl.java:348)
        at com.sun.enterprise.connectors.ConnectorRuntime.createActiveResourceAdapter(ConnectorRuntime.java:405)
        at com.sun.enterprise.connectors.service.ConnectorService.loadDeferredResourceAdapter(ConnectorService.java:184)
        at com.sun.enterprise.connectors.service.ConnectorService.loadResourcesAndItsRar(ConnectorService.java:148)
        at com.sun.enterprise.connectors.service.ConnectorService.checkAndLoadPool(ConnectorService.java:325)
        at com.sun.enterprise.connectors.service.ConnectorConnectionPoolAdminServiceImpl.getUnpooledConnection(ConnectorConnectionPoolAdminServiceImpl.java:553)
        at com.sun.enterprise.connectors.service.ConnectorConnectionPoolAdminServiceImpl.testConnectionPool(ConnectorConnectionPoolAdminServiceImpl.java:430)
        at com.sun.enterprise.connectors.ConnectorRuntime.pingConnectionPool(ConnectorRuntime.java:1162)
        at org.glassfish.connectors.admin.cli.PingConnectionPool.execute(PingConnectionPool.java:143)
        at com.sun.enterprise.v3.admin.CommandRunnerImpl$2$1.run(CommandRunnerImpl.java:544)
        at com.sun.enterprise.v3.admin.CommandRunnerImpl$2$1.run(CommandRunnerImpl.java:540)
        at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method)
        at javax.security.auth.Subject.doAs(Subject.java:360)
        at com.sun.enterprise.v3.admin.CommandRunnerImpl$2.execute(CommandRunnerImpl.java:539)
        at com.sun.enterprise.v3.admin.CommandRunnerImpl$3.run(CommandRunnerImpl.java:570)
        at com.sun.enterprise.v3.admin.CommandRunnerImpl$3.run(CommandRunnerImpl.java:562)
        at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method)
        at javax.security.auth.Subject.doAs(Subject.java:360)
        at com.sun.enterprise.v3.admin.CommandRunnerImpl.doCommand(CommandRunnerImpl.java:561)
        at com.sun.enterprise.v3.admin.CommandRunnerImpl.doCommand(CommandRunnerImpl.java:1469)
        at com.sun.enterprise.v3.admin.CommandRunnerImpl.access$1300(CommandRunnerImpl.java:111)
        at com.sun.enterprise.v3.admin.CommandRunnerImpl$ExecutionContext.execute(CommandRunnerImpl.java:1851)
        at com.sun.enterprise.v3.admin.CommandRunnerImpl$ExecutionContext.execute(CommandRunnerImpl.java:1727)
        at com.sun.enterprise.admin.cli.embeddable.CommandExecutorImpl.executeCommand(CommandExecutorImpl.java:169)
        at com.sun.enterprise.admin.cli.embeddable.CommandExecutorImpl.run(CommandExecutorImpl.java:94)
        at fish.payara.micro.boot.runtime.BootCommand.execute(BootCommand.java:65)
        at fish.payara.micro.boot.runtime.BootCommands.executeCommands(BootCommands.java:105)
        at fish.payara.micro.boot.runtime.BootCommands.executeCommands(BootCommands.java:99)
        at fish.payara.micro.impl.PayaraMicroImpl.bootStrap(PayaraMicroImpl.java:987)
        at fish.payara.micro.impl.PayaraMicroImpl.main(PayaraMicroImpl.java:186)
        at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method)
        at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(NativeMethodAccessorImpl.java:62)
        at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(DelegatingMethodAccessorImpl.java:43)
        at java.lang.reflect.Method.invoke(Method.java:498)
        at fish.payara.micro.boot.loader.MainMethodRunner.run(MainMethodRunner.java:48)
        at fish.payara.micro.boot.loader.Launcher.launch(Launcher.java:107)
        at fish.payara.micro.boot.loader.Launcher.launch(Launcher.java:70)
        at fish.payara.micro.boot.PayaraMicroLauncher.main(PayaraMicroLauncher.java:79)
        at fish.payara.micro.PayaraMicro.main(PayaraMicro.java:361)
Caused by: java.lang.ClassNotFoundException: com.sun.gjc.spi.ResourceAdapterImpl
        at com.sun.enterprise.v3.server.APIClassLoaderServiceImpl$APIClassLoader.loadClass(APIClassLoaderServiceImpl.java:245)
        at com.sun.enterprise.v3.server.APIClassLoaderServiceImpl$APIClassLoader.loadClass(APIClassLoaderServiceImpl.java:237)
        at com.sun.enterprise.connectors.ActiveRAFactory.createActiveResourceAdapter(ActiveRAFactory.java:103)
        ... 40 more
]]

Dead-end street: comment out ping 

Okay, stacktraces are gone. But I don't know if the pool has been created and if it works.

Dead-end street: add dependencies 

Idea: add missing dependencies. The Payara versions are not in Maven Central, so I tried to add glassfish versions of org.glassfish.main.jdbc.jdbc-ra.jdbc-core:jdbc-core:4.1.2 and org.glassfish.main.jdbc.jdbc-ra.jdbc40:jdbc40:4.1.2 ... Result? Several warnings like this and finally exception. Dumb idea? Something similar helped us with old versions of the Embedded Payara started by JUnit integration tests but here it was only a cargo antipattern. 

[2017-09-12T21:36:37.619+0200] [] [WARNING] [] [javax.enterprise.resource.resourceadapter.com.sun.enterprise.connectors.util] [tid: _ThreadID=1 _ThreadName=main] [timeMillis: 1505244997619] [levelValue: 900] RAR8000 : The method setLogJdbcCalls is not present in the class : com.sun.gjc.spi.DSManagedConnectionFactory

com.sun.appserv.connectors.internal.api.ConnectorRuntimeException: Failed to create MCF for experiment-mysql
        at com.sun.enterprise.connectors.service.ConnectorConnectionPoolAdminServiceImpl.createConnectorConnectionPool(ConnectorConnectionPoolAdminServiceImpl.java:195)
        at com.sun.enterprise.connectors.ConnectorRuntime.createConnectorConnectionPool(ConnectorRuntime.java:331)
        at org.glassfish.jdbc.deployer.JdbcConnectionPoolDeployer.actualDeployResource(JdbcConnectionPoolDeployer.java:201)
        at org.glassfish.jdbc.deployer.JdbcConnectionPoolDeployer.deployResource(JdbcConnectionPoolDeployer.java:170)
        at com.sun.enterprise.connectors.service.ConnectorService.loadDeferredResources(ConnectorService.java:233)
        at com.sun.enterprise.connectors.service.ConnectorService$1.run(ConnectorService.java:153)
        at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method)
Those two dependencies now remove, they are not needed and more, they are not compatible.

Look into the Payara sources and think

 ... and create this issue: https://github.com/payara/Payara/issues/1967 Oh, by the way, why I did not think it before? ORB factory is simply initialized after the prebootcommandfile execution! Ok, let's move the ping to a new file postboot.txt and add another commandLineOption to pom.xml: 
<commandLineOption>
  <key>--postbootcommandfile</key>
  <value>${project.build.outputDirectory}/postboot.txt</value>
</commandLineOption>

MySQL and time zones 

Pool ping was still failing with some weird error message about unknown CEST timezone. StackOverflow advices did not work, neither one about configuring the JDBC driver. I have found several bugs reported to MySQL devs: https://bugs.mysql.com/bug.php?id=86425
I tried to change the server's default-time-zone via the MySql Workbench with no success until I noted that it updates incorrect file in my user's home directory. Finally I added these lines into /etc/mysql/my.cnf and restarted the mysql service ... and it worked. 
[mysqld]
default-time-zone = +00:00

Success 

Yes, that was all. But ... there is nothing interesting in the log output, no logging about asadmin commands, no logging about their success. I was lazy to create my own logging.properties and to add path as another commandLineOption so I hacked the jar in maven repository (please, don't do this, don't be lazy!) ... the nearest usable loggers and logs was these: 

[2017-09-12T22:23:53.622+0200] [] [FINE] [] [javax.enterprise.resource.resourceadapter.org.glassfish.jdbcruntime] [tid: _ThreadID=1 _ThreadName=main] [timeMillis: 1505247833622] [levelValue: 500] [CLASSNAME: org.glassfish.jdbcruntime.JdbcRuntimeExtension] [METHODNAME: isConnectionPoolReferredInServerInstance] JDBC resource jdbc/experiment-jta refers experiment-mysql in this server instance and is enabled
 

[2017-09-12T22:23:54.398+0200] [] [FINE] [] [org.glassfish.naming] [tid: _ThreadID=1 _ThreadName=main] [timeMillis: 1505247834398] [levelValue: 500] [CLASSNAME: com.sun.enterprise.naming.util.NamingUtilsImpl] [METHODNAME: makeCopyOfObject] [[
  ** makeCopyOfObject:: ConnectorConnectionPool :: experiment-mysql
steady size: 5
max pool size: 20
max wait time: 60000
pool resize qty: 2
Idle timeout: 300
failAllConnections: true
Transaction Support Level: 1
isConnectionValidationRequired_ true
preferValidateOverRecreate_ false
matchConnections_ false
associateWithThread_ false
lazyConnectionAssoc_ false
lazyConnectionEnlist_ false
maxConnectionUsage_ 0
pingPoolDuringCreation_ false
poolingOn_ true
validateAtmostOncePeriod_ 0
connectionLeakTracingTimeout_0
connectionReclaim_false
connectionCreationRetryAttempts_0
connectionCreationRetryIntervalInMilliSeconds_10
nonTransactional_ false
nonComponent_ false
ConnectorDescriptorInfo ->
rarName: __ds_jdbc_ra
resource adapter class: com.sun.gjc.spi.ResourceAdapterImpl
connection def name: javax.sql.DataSource
MCF Config properties-> ClassName:com.mysql.cj.jdbc.MysqlDataSource
ConnectionValidationRequired:true
ValidationMethod:auto-commit
ValidationTableName:
ValidationClassName:
TransactionIsolation:
GuaranteeIsolationLevel:true
StatementWrapping:true
LogJdbcCalls:false
SlowQueryThresholdInSeconds:-1
StatementTimeout:-1
PoolMonitoringSubTreeRoot:resources/experiment-mysql
PoolName:experiment-mysql
StatementCacheSize:0
StatementCacheType:
InitSql:null
SqlTraceListeners:fish.payara.jdbc.SilentSqlTraceListener
StatementLeakTimeoutInSeconds:0
StatementLeakReclaim:false
DatabaseName:iqhouse_experiment
User:test
Password:****
ServerName:localhost
DriverProperties:setcharacterEncoding#UTF-8##setport#3306##setuseJDBCCompliantTimezoneShift#true##setuseLegacyDatetimeCode#true##setuseUnicode#true##setserverTimezone#UTC##setzeroDateTimeBehavior#convertToNull##
Delimiter:#
EscapeCharacter:\
]] 
Now I can continue to level 2: Good REST services ... to be continued ;)
Vystavil v Žádné komentáře:
Štítky: , , , , , , , , , , , ,
Přihlásit se k odběru: Příspěvky (Atom)